نقاط عطفی در تاریخ وجود دارند که نتیجه یک رویداد واحد در آن‌ها می‌تواند کل مسیر را تغییر دهد. در سال ۱۹۰۹، تلاش برای ترور یک فرماندار ژاپنی ناکام می‌ماند. اکنون در سال ۲۰۰۹، کره تنها یکی دیگر از ایالت‌های امپراتوری ژاپن است و سئول به یک شهر بزرگ ژاپنی تبدیل شده است. یک گروه مقاومت کره‌ای برای آزادی، استقلال و احیای تاریخ واقعی مبارزه می‌کند. دو پلیس، یکی ژاپنی و دیگری کره‌ای، درباره این گروه تحقیق می‌کنند.

فیلم «یک مرد ناپدید می‌شود» به بررسی مفهوم جوهاتسو می‌پردازد و پدیده ناپدید شدن افراد در ژاپن طی سالیان متمادی را به تصویر می‌کشد. فیلم‌سازان یکی از این افراد را از لیست انتخاب می‌کنند؛ کسی که به نظر می‌رسد به دلیل اختلاس از شرکتش از روی زمین محو شده است، و یک مستند تحقیقی را درباره دلایل پشت این ماجرا و تلاش برای ردیابی او آغاز می‌کنند.